באוגוסט 1939 שימשה צירה בקונגרס הציוני ה-21 בז'נבה. הקונגרס קוצר בשל הידיעה על חתימת הסכם ריבנטרופ-מולוטוב, ולובטקין שבה לחניכיה בפולין, על אף שהוכנה עבורה אשרת עלייה לארץ ישראל. עם פרוץ מלחמת העולם השנייה התקבלה החלטה בהנהגת תנועת דרור על כינון מסגרת "הנהגה ב'" שתהיה מורכבת מנשים בלבד, למקרה שבו יגויסו לצבא כלל הגברים בהנהגה. הנהגה אלטרנטיבית זו מנתה את לובטקין יחד עם פרומקה פלוטניצקה, חנצ'ה פלוטניצקה, לאה פרלשטיין, טוסיה אלטמן ואחרות. שבוע לאחר פרוץ המלחמה התקבלה בהנהגת התנועה החלטה לצאת מוורשה ולפנות מזרחה לשטח הכיבוש הסובייטי. הנהגת התנועה, ובה לובטקין, התיישבה ב-16 בספטמבר 1939 בעיירה קובל . בקובל קיבלה לובטקין על עצמה אחריות על חיפוש דרכי יציאה לחברי התנועה לכיוון ארץ ישראל, בעיקר דרך פריצת הגבול עם רומניה, שדרכה עוד ניתן היה להגיע לארץ. בהמשך הפעילות בשטח הכיבוש הסובייטי הייתה לובטקין אחראית גם על תחום הקשר והמודיעין. בין ראשוני החברים שנשלחו לנסות ולפרוץ את הגבול הרומני, יצא בן זוגה של לובטקין באותה התקופה, שמואל בּרִידֶר, שעקבותיו נעלמו

ב-31 בדצמבר 1939 התכנסה הנהגת התנועה והחליטה על חזרה לפעולה גם בשטחי הכיבוש הגרמני. פרומקה פלוטניצקה כבר שהתה באזור הגרמני, ובתחילת ינואר 1940 יצאה גם לובטקין חזרה לשטח הגרמני, ובאביב אותה שנה הצטרף אליה יצחק (אנטק) צוקרמן, שלימים היה לבן זוגה. הם התגוררו בקומונה של הנהגת התנועה בוורשה, ברחוב דְזֶ'לנָה ‏ 34, בדירה ששימשה כמרכז רעיוני ואקטיבי של התנועה. בבניין הקומונה הוקם מטבח ציבורי שפעל גם כגמ"ח, ובו שהו פעילים רבים. בגטו ורשה הייתה לובטקין למייצגת תנועת דרור ב"קואורדינציה החלוצית" – ארגון הגג של התנועות החלוציות – ובפני היודנראט. בשלב מסוים שימשה כראש מרכז החלוץ בוורשה. כמו כן עסקה בגיוס תרומות לטובת מפעלי החינוך והסעד של התנועה. תפקיד נוסף שביצעה בגטו היה המשך ארגון של חוות הכשרה חקלאיות שקיבלו אישורי עבודה מטעם השלטונות. לובטקין עמלה על השגת האישורים ועל שמירת הקשר עם החניכים שעבדו בחוות, ולשם כך עברה פעמים רבות בגניבה ותוך סיכון את חומות הגטו לשם ביקורים בחוות השונות